Село Средний Васюган является одним из самых старых поселений на севере  Томской области. Тысячи лет назад люди облюбовали для житья берега Шайтанского мыса. Здесь стояли укрепленные городки и святилища хантов и здесь более 300 лет назад образовался постоянный поселок – центр инородческой Васюганской волости. Послe строительства церкви в 1785 г. поселение стало официально именоваться селом Васюганским, или юртами Церковными. Именно в нашем селе была устроена первая в этих краях школа. В 20-х годах появилась и небольшая больница. Васюганцы занимались древними, как мир, промыслами — рыболовством и охотой. Этот порядок не изменился даже когда хантыйское население постепенно заменилось в селе русским.

Жизнь в селе изменилась с начала 30-х г.г., когда сюда начали ссылать раскулаченных крестьян. В это время село Васюган стало называться Средним Васюганом, потому что стало центром участковой Средневасюганской комендатуры СИБлага ОГПУ. Население занималось охотой, рыболовством, скотоводством, землепашеством.

Новая эра в жизни села наступила с начала 60-х г.г., когда на Васюганье пришли нефтегазоразведчики. Средний Васюган превратился в базу Васюганской нефтегазоразведочной экспедиции. Геологи определяли ритм жизни поселка более 30 лет. Средний Васюган из аграрного превратился в промышленное поселение.

Утроилось число его жителей, многие приехали по спец. набору. В селе сложились десятки трудовых династий, внесших большой вклад в освоение богатств нашего сурового края.

Село Мыльджино образовалось намного позднее села Средний Васюган, в 30-е, 40-е годы заселялось спецпереселенцами и в более позднее время поселенцами по спец. набору для работы в лесной отрасли.

Законсервированные Мыльджинское, Северовасюганское и другие газоконденсатные месторождения томского севера почти тридцать лет ждали своего часа. Газовая программа «Востокгазпрома» вновь оживила поселки. Они стали одной из баз газопромысловиков. Появилась возможность трудоустроить рабочих и специалистов, благоустроить поселки
отремонтировать дороги, наладить надежное электроснабжение.

Муниципальное образование «Средневасюганское сельское поселение» было создано на территории Каргасокского района в 2005 году в связи с принятием нового Федерального Закона «Об обоих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации». В состав поселения вошли село Среднии Васюган, село Мыльджино и Волчиха (проживает 2 человека).

Административным центром является село Средний Васюган.

Общее количество жителей в поселении в 2007 г. составило 2708 человек, 2006 г. — 2750 человек.

Центр поселения село Средний Васюган удален от районного центра на 230 км, областного — 710 км. Село Мыльджино удалено от центра поселения на 38 км.

Дороги круглогодичного действия нет как с районным центром Каргасок, так и с. Мыльджино. В зимний период сообщение между населенными пунктами осуществляется по «зимнику», в летний период авиатранспортом, частично водным транспортом.